Важнейшей из решаемых задач руководство вуза считает сохранение и укрепление здоровья студентов. С 1996 г. в Университете реализуется Комплексная программа «Здоровьесберегающие технологии и профилактика социально-значимых заболеваний в образовательно-воспитательном процессе» . В рамках реализации Программы задействованы все структурные подразделения МГТУ им. Н.Э. Баумана.